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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
Data corrente: |
18/01/2017 |
Data da última atualização: |
18/01/2017 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
ALMEIDA FILHO, J. E. de; GUIMARÃES, J. F. R.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; MUÑOZ, P.; KIRST, M.; RESENDE JUNIOR, M. F. R. |
Afiliação: |
J. E. de Almeida Filho, University of Florida; J. F. R. Guimarães, University of Florida; F. F. e SILVA, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; P. Muñoz, University of Florida; M. Kirst, University of Florida; M. F. R. Resende JUnior, RAPiD Genomics LLC. |
Título: |
The contribution of dominance to phenotype prediction in a pine breeding and simulated population. |
Ano de publicação: |
2016 |
Fonte/Imprenta: |
Heredity, v. 117, p. 33-41, July 2016. |
DOI: |
10.1038/hdy.2016.23 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Pedigrees and dense marker panels have been used to predict the genetic merit of individuals in plant and animal breeding, accounting primarily for the contribution of additive effects. However, nonadditive effects may also affect trait variation in many breeding systems, particularly when specific combining ability is explored. Here we used models with different priors, and including additive-only and additive plus dominance effects, to predict polygenic (height) and oligogenic (fusiform rust resistance) traits in a structured breeding population of loblolly pine (Pinus taeda L.). Models were largely similar in predictive ability, and the inclusion of dominance only improved modestly the predictions for tree height. Next, we simulated a genetically similar population to assess the ability of predicting polygenic and oligogenic traits controlled by different levels of dominance. The simulation showed an overall decrease in the accuracy of total genomic predictions as dominance increases, regardless of the method used for prediction. Thus, dominance effects may not be accounted for as effectively in prediction models compared with traits controlled by additive alleles only. When the ratio of dominance to total phenotypic variance reached 0.2, the additive?dominance prediction models were significantly better than the additive-only models. However, in the prediction of the subsequent progeny population, this accuracy increase was only observed for the oligogenic trait. |
Thesagro: |
Árvore conífera. |
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/153479/1/2016-M.Deon-H-TheContribution.pdf
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Marc: |
LEADER 02158naa a2200217 a 4500 001 2061094 005 2017-01-18 008 2016 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $a10.1038/hdy.2016.23$2DOI 100 1 $aALMEIDA FILHO, J. E. de 245 $aThe contribution of dominance to phenotype prediction in a pine breeding and simulated population.$h[electronic resource] 260 $c2016 520 $aPedigrees and dense marker panels have been used to predict the genetic merit of individuals in plant and animal breeding, accounting primarily for the contribution of additive effects. However, nonadditive effects may also affect trait variation in many breeding systems, particularly when specific combining ability is explored. Here we used models with different priors, and including additive-only and additive plus dominance effects, to predict polygenic (height) and oligogenic (fusiform rust resistance) traits in a structured breeding population of loblolly pine (Pinus taeda L.). Models were largely similar in predictive ability, and the inclusion of dominance only improved modestly the predictions for tree height. Next, we simulated a genetically similar population to assess the ability of predicting polygenic and oligogenic traits controlled by different levels of dominance. The simulation showed an overall decrease in the accuracy of total genomic predictions as dominance increases, regardless of the method used for prediction. Thus, dominance effects may not be accounted for as effectively in prediction models compared with traits controlled by additive alleles only. When the ratio of dominance to total phenotypic variance reached 0.2, the additive?dominance prediction models were significantly better than the additive-only models. However, in the prediction of the subsequent progeny population, this accuracy increase was only observed for the oligogenic trait. 650 $aÁrvore conífera 700 1 $aGUIMARÃES, J. F. R. 700 1 $aSILVA, F. F. e 700 1 $aRESENDE, M. D. V. de 700 1 $aMUÑOZ, P. 700 1 $aKIRST, M. 700 1 $aRESENDE JUNIOR, M. F. R. 773 $tHeredity$gv. 117, p. 33-41, July 2016.
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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Registros recuperados : 31 | |
1. | | ALVES, C. J.; SAMPAIO, F.; YOTOKO, K. C.; MACHADO, M. A.; VICCINI, L. F. Análise filogenética em espécies de lippia spp. (verbenaceae) da Cadeia do Espinhaço - MG com o uso de caracteres moleculares. In: SEMANA DE BIOLOGIA, 31.; MOSTRA DE PRODUÇÃO CIENTÍFICA, 14., 2008, Juiz de Fora. Anais... Juiz de Fora: UFJF, 2008. 1 CD.Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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3. | | PIERRE, P. M. O.; SOUSA, S. M.; DAVIDE, L. C.; MACHADO, M. A.; VICCINI, L. F. Karyotype analysis, DNA content and molecular screening in Lippia alba (Verbenaceae). Anais da Academia Brasileira de Ciências, v. 83, n. 3, p. 993-1005, 2011.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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4. | | RIBEIRO, P. C. C.; PINHEIRO, L. C.; DOMINGUES, R.; MACHADO, M. A.; FORZZA, R. C.; VICCINI, L. F. Diversidade e estrutura genética de Neoregelia oligantha e Neoregelia ibitipocensis (Bromeliaceae) ameaçadas de extinção. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 55., 2009, Águas de Lindoia. Anais... Águas de Lindóia: SBG, 2009.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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6. | | RIBEIRO, P. C. C.; PINHEIRO, L. C.; DOMINGUES, R.; FORZZA, R. C.; MACHADO, M. A.; VICCINI, L. F. Genetic diversity of Vriesea cacuminis (Bromeliaceae): an endangered and endemic brazilian species. Genetics and Molecular Research, v. 12, n. 2, p. 1934-1943, 2013.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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7. | | LOPES, J. M. L.; CAMPOS, V. R.; REIS, A. C.; MATOS, E. M. de; AZEVEDO, A. L. S.; MACHADO, M. A.; GRAZUL, R. M.; VICCINI, L. F. Aneuploids and its increment on diversity of Lippia alba polyploid complex: genetic aspects and origin. Molecular Biology Reports, v. 49, n. 8, p. 7743-7752, 2022.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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8. | | FONSECA, I.; PINTO, I. S. B.; MENDONÇA, J. F. M.; BRANDAO, H. de M.; GUIMARAES, A. S.; CARVALHO, W. A.; VICCINI, L. F.; MARTINS, M. F. Análise do perfil de expressão dos genes FOXP3 e A2M em úberes extracorpóreos em resposta à Streptococcus agalactiae. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DO LEITE, 13., 2015, Porto Alegre. Anais... Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2015. 4 p.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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9. | | HMELJEVSKIA, K. V.; FREITAS, L.; DOMINGUES, R.; PEREIRA, A. R.; CANCIO, A. S.; ANDRADE, A. C. S.; MACHADO, M. A.; VICCINI, L. F.; FORZZA, R. C. Conservation assessment of an extremely restricted bromeliad highlights the need for population-based conservation on granitic inselbergs of the Brazilian Atlantic Forest. Flora, n. 209, n. 5/6, p. 250-259, 2014.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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10. | | SIQUEIRA, J. T. da C.; REIS, A. C.; LOPES, J. M. L.; LADEIRA, L. O.; VICCINI, L. F.; BRANDAO, H. de M.; MUNK, M.; SOUSA, S. M. de. Chromosomal aberrations and changes in the methylation patterns of Lactuca sativa L. (Asteraceae) exposed to carbon nanotubes. Biologia, v. 78, p. 1991-2002, 2023.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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11. | | CAMPOS, J. M. S. de; SALGADO, C. C.; SILVA, P. S.; ALVES, C. C. de S.; DAVIDE, L. C.; PEREIRA, A. V.; VICCINI, L. F. Citometria de fluxo na análise genômica em híbridos entre capim elefante e milheto. In: ENCONTRO REGIONAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE QUÍMICA - MG, 20., 2006, São João Del Rei. 20 anos de Encontro Regional da SBQ-MG: passado e futuro: anais. São João del Rei: UFSJ, 2006. 1 CD.Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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12. | | COSTA, P. P.; PAULA, C. M. P. de; CAMPOS, J. M. S. de; DAVIDE, L. C.; VICCINI, L. F.; LÉDO, F. J. da S.; PEREIRA, A. V. Avaliação de ploidia em Pennisetum sp. In: SEMANA DE BIOLOGIA, 31.; MOSTRA DE PRODUÇÃO CIENTÍFICA, 14., 2008, Juiz de Fora. Anais... Juiz de Fora: UFJF, 2008. 1 CD.Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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13. | | PANDELO, D.; MELO, T. D.; SINGULANI, J. L.; GUEDES, F. A. F.; MACHADO, M. A.; COELHO, C. M.; VICCINI, L. F.; SANTOS, M. O. Oil production at different stages of leaf development in Lippia alba. Revista Brasileira de Farmacognosia, v. 22, n. 3, p. 497-501, 2012.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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14. | | FRANCO, A. L.; FIGUEREDO, A.; PEREIRA, L. de M.; SOUSA, S. M. de; SOUZA, G.; CARVALHO, M. A.; SIMON, M. F.; VICCINI, L. F. Low cytomolecular diversification in the genus Stylosanthes Sw. (Papilionoideae, Leguminosae). Genetics and Molecular Biology, v. 43, n. 1, article e20180250, 2020.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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15. | | CAMPOS, J. M. S. de; DAVIDE, L. C.; SALGADO, C. C.; SILVA, P. S.; ALVES, C. C. de S.; PEREIRA, A. V.; VICCINI, L. F. Duplicação cromossômica em híbridos triplóides entre capim elefante e milheto - análise de ploidia por citometria de fluxo. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 4., 2007, São Lourenço. Anais... Lavras: UFLA / SBMP, 2007. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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16. | | CAMPOS, J. M. S. de; CALDERANO, C. de A.; PEREIRA, A. V.; DAVIDE, L. C.; VICCINI, L. F.; SANTOS, M. de O. Embriogênese somática em híbridos de Pennisetum sp. e avaliação de estabilidade genômica por citometria. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasílila, DF, v. 44, n. 1, p. 38-44, 2009.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Unidades Centrais. |
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17. | | PAULA, C. M. P.; COSTA, P. P.; CAMPOS, J. M. S.; BARBOSA, S.; DAVIDE, L. C.; VICCINI, L. F.; LEDO, F. J. da S.; PEREIRA, A. V. Eliminação de sequências genômicas em resposta à hibridação e poliploidização em híbridos entre capim-elefante (Pennisetum purpureum) e milheto (P. glaucum). In: SEMANA DE BIOLOGIA, 31., MOSTRA DE PRODUÇÃO CIENTÍFICA, 14., 2008, Juiz de Fora. Anais... Juiz de Fora: UFJF, 2008. 4 p. 1 CD.Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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18. | | LOPES, J. M. L.; MATOS, E. M. de; ZORZATTO, C.; AZEVEDO, A. L. S.; MACHADO, M. A.; CHESTER, M.; VICCINI, L. F. Development of microsatellite markers for Lippia alba and related Lippia species. Molecular Biology Reports, v. 47, p. 4911-4915, 2020Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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19. | | BATISTA, D. S.; CASTRO, K. M. de; RIBEIRO, D. M.; CAIXETA, E. T.; SANTOS, M. de O.; VICCINI, L. F.; OTONI, W. C. Ethylene Responses and ACC oxidase Gene Expression in Lippia alba (Verbenaceae) Chemotypes with Varying Ploidy Levels. In Vitro Cellular & Developmental Biology - Plant, v. 53, n. 3, p. 278-284, 2017.Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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20. | | POGGIAN, C. F.; VERNEQUE, R. da S.; VICCINI, L. F.; TEODORO, R. L.; FREITAS, L. S.; CARVALHO, M. R. S.; PEIXOTO, M. G. C. D. Endogamia na raça Guzerá (Bos indicus) para produção de leite. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 53., 2007, Águas de Lindóia. Resumos... Ribeirão Preto: SBG, 2007. p. 321.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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